設定抵押權是為擔保債權清償，只有債權消滅時，抵押權才會歸於消滅，所以存續期限屆滿，地政機關並不能直接將抵押權塗銷，而是要提出抵押權人（也就是債權人）出具的債務清償證明書證明債務已經清償，及其他應備文件或是循法律途徑訴請判決塗銷並向地政事務所申請，才可以將設定的抵押權塗銷。